Desde el estreno de la Copa en 2002, el "Bicho" participó en cuatro ediciones. La última vez que estuvo presente fue en el 2012. Mientras que su mejor actuación fue en el 2008.

La primera presentación fue en 2008, en donde llegó a las semifinales y fue eliminado por Estudiantes de La Plata. Empató 1 a 1 en la ida, en el Diego Maradona, pero luego cayó 1 a 0 en La Plata, con gol de José Luis Calderón (quien luego jugaría y saldría campeón con Argentinos). Con Nestor Gorosito como entrenador, esa fue la mejor participación del "Tifón" en la Sudamericana.

En 2010 quedó afuera en la Primera Fase a manos de Independiente (quien después se consagraría campeón), igualando el encuentro de ida 1-1 de local y luego perdiendo la vuelta, 1-0, en Avellaneda.

En 2011 nuevamente fue vencido en Primera Ronda, en esta oportunidad ante el Vélez de Ricardo Gareca. Primero fue empate en 0 en La Paternal y luego una contundente goleada 4-0 sufrida en Liniers.

La última vez que la disputó fue en 2012, año en el que se dio la peor actuación hasta el momento, ya que finalizó con un global de 6-2 frente a Tigre, perdiendo los dos compromisos. En la ida fue derrota 2-1 en casa y en la vuelta paliza por 4-1 en Victoria.