La institución de La Paternal no ha realizado destacadas campañas en este torneo en el cual participan todos los equipos de todas las divisiones del fútbol argentino. Siempre le ha costado y sobre todo en las presentaciones de cada año ha sufrido tempranas despedidas.

Comenzando por la edición 2011-2012, debutó venciendo a Racing de Olavarría por 3 a 0 con doblete de Juan José Morales y uno de Gabriel Peñalba. Luego también dejó en el camino a Aldosivi, aunque después fue superado en Octavos de Final, 1 a 0 por Tigre.

En la competencia siguiente, decidió apostar por juveniles, ya que estaba inmerso en la lucha por la permanencia, y cayó en los penales, 4-2 contra Sportivo Belgrano (de San Francisco), quedando afuera en 32avos.

En la temporada 2013-2014, de la mano de Juan Román Riquelme, logró su mejor marca llegando a las Semifinales, superando en primera instancia a Gimnasia de La Plata 4-2 desde los doce pasos luego de igualar 0-0 en los 90'. Además eliminó a Racing (1-0), y a Estudiantes de Buenos Aires (por penales), aunque se despidió con una dura caída por 5-0 contra Rosario Central.

En la Copa posterior, el estreno fue con goleada 3-0 a San Martín de Tucumán, pero después fue eliminado, 1 a 0, por Guaraní Antonio Franco, en 16avos. En la 2015-2016 igualó en el debut 1-1 ante Deportivo Laferrere, pero cayó 4-3 desde los doce pasos. En la edición del 2017 también fue debut y despedida porque perdió 1 a 0 frente a Instituto de Córdoba.

Por último, el año pasado fue triunfo 2-1 ante Independiente de Chivilcoy en 32avos. Luego empate en los 90 minutos ante Defensa y Justicia (con victoria en los penales por 4-3), y finalmente caída 0-2 ante Temperley en 8vos. de Final.

Desde la temporada 2011/12, el elenco de La Paternal ha disputado siete veces el primer partido de la Copa Argentina, avanzando en cuatro oportunidades y quedando al margen en tres. Un dato a destacar es que dos de esas tres eliminaciones se dieron dentro de las últimas tres participaciones.