La institución de La Paternal no ha realizado destacadas campañas en este torneo en el cual participan todos los equipos de todas las divisiones del fútbol argentino. En la edición 2011-2012, venció a Racing de Olavarría y Aldosivi, aunque luego fue superado en Octavos de Final, 1 a 0 por Tigre.

En la competencia siguiente, decidió apostar por juveniles, ya que estaba inmerso en la lucha por la permanencia, y cayó en los penales, 4-2 contra Sportivo Belgrano (de San Francisco), quedando afuera en 32avos.

En la temporada 2013-2014, de la mano de Juan Román Riquelme, llegó a las Semifinales, con victorias frente a Gimnasia de La Plata, Racing y Estudiantes de Buenos Aires, aunque se despidió con una dura caída por 5-0 contra Rosario Central.

En la Copa posterior, venció 3-0 a San Martín de Tucumán pero después fue eliminado, 1 a 0, por Guaraní Antonio Franco, en 16avos.

En la 2015-2016 igualó en el debut 1-1 ante Deportivo Laferrere, pero cayó 4-3 desde los doce pasos.

En la última participación también fue debut y despedida porque perdió 1 a 0 frente a Instituto de Córdoba.